Encadrements de thèses d'université

@phdthesis{calafiore_participation_2023,
	type = {These de doctorat},
	title = {Participation des {Médecins} généralistes aux programmes de soins intégrés destinés aux personnes âgées : exemple du projet {PAERPA}},
	copyright = {Licence Etalab},
	shorttitle = {Participation des {Médecins} généralistes aux programmes de soins intégrés destinés aux personnes âgées},
	url = {https://theses.fr/2023ULILS037},
	abstract = {Contexte : Les parcours de soins intégrés (PSI) peuvent contribuer à éviter les hospitalisations inutiles et à améliorer la qualité globale des soins pour les patients âgés et fragiles. Bien que ces PSI doivent être coordonnés par les médecins généralistes (MG), le niveau d'engagement de ces derniers peut varier. Objectif : Établir le profil des médecins généralistes ayant participé ou ayant refusé de participer au projet de PSI Personnes Agées En Risque de Perte d'Autonomie (PAERPA) dans la région Valenciennois-Quercitain en France entre 2014 et 2019. Design de l'étude : Une double analyse qualitative et quantitative des médecins généralistes ayant participé au projet PAERPA. Méthode : Nous avons interrogé les médecins généralistes intéressés ou non puis comparé les profils de consultation et de prescription.Résultats : Certains médecins généralistes étaient intéressés par le PSI PAERPA, alors que d'autres y étaient opposés. Les 48 entretiens qualitatifs ont révélé quatre éléments qui ont influencé la participation au projet PAERPA : (i) la prise de conscience des enjeux de la médecine gériatrique et l'intérêt du travail collaboratif, (ii) le gain de temps, (iii) la délégation de tâches, et (iv) les avantages de la coordination. Le niveau d'intérêt pour le PSI pour les adultes âgés et fragiles a été indirectement reflété par les données sur la consultation et la prescription. Les généralistes qui ont participé à PAERPA avaient une plus grande proportion de patients âgés (plus de 70 ans) (p{\textless}0,05), un plus grand nombre de consultations par an (p{\textless}0,05) et un plus grand nombre de visites à domicile (p{\textless}0,01), par rapport aux généralistes qui ont refusé de participer. Conclusion : Le niveau d'engagement envers un PSI pourrait être accru en personnalisant la stratégie de recrutement en fonction du profil du médecin généraliste. Un accès aux données de soins premiers est nécessaire pour optimiser cette stratégie},
	urldate = {2024-03-23},
	school = {Université de Lille (2022-....)},
	author = {Calafiore, Matthieu},
	collaborator = {Chazard, Emmanuel},
	month = nov,
	year = {2023},
	keywords = {Adultes âgés fragiles, Data reuse, Frail elderly adults, General practice, Integrated care pathways, Médecine générale, Médecine générale -- Dissertation universitaire, Médecins généralistes, Médecins généralistes -- Dissertation universitaire, Médecins généralistes -- Le Quesnoy (Nord, Médecins généralistes -- Le Quesnoy (Nord ; région), Médecins généralistes -- Valenciennes (Nord, Médecins généralistes -- Valenciennes (Nord ; région), PAERPA, Paerpa, Parcours de soins coordonnés, Parcours de soins intégrés, Personne âgée fragile, Personne âgée fragile -- Dissertation universitaire, Personnes âgées -- Santé et hygiène, Personnes âgées -- Soins, Personnes âgées dépendantes, Primary care, Programmes de gestion intégrée des soins de santé, Programmes de gestion intégrée des soins de santé -- Dissertation universitaire, Régulation de l'accès aux soins spécialisés, Régulation de l'accès aux soins spécialisés -- Dissertation universitaire, Réutilisation des données, Soins de santé primaires, Soins de santé primaires -- Dissertation universitaire, Soins de santé primaires -- Le Quesnoy (Nord, Soins de santé primaires -- Le Quesnoy (Nord ; région), Soins de santé primaires -- Valenciennes (Nord, Soins de santé primaires -- Valenciennes (Nord ; région), Soins premiers, Sujet âgé, Sujet âgé -- Dissertation universitaire, Sujet âgé de 80 ans ou plus, Sujet âgé de 80 ans ou plus -- Dissertation universitaire, région)},
}

Contexte : Les parcours de soins intégrés (PSI) peuvent contribuer à éviter les hospitalisations inutiles et à améliorer la qualité globale des soins pour les patients âgés et fragiles. Bien que ces PSI doivent être coordonnés par les médecins généralistes (MG), le niveau d'engagement de ces derniers peut varier. Objectif : Établir le profil des médecins généralistes ayant participé ou ayant refusé de participer au projet de PSI Personnes Agées En Risque de Perte d'Autonomie (PAERPA) dans la région Valenciennois-Quercitain en France entre 2014 et 2019. Design de l'étude : Une double analyse qualitative et quantitative des médecins généralistes ayant participé au projet PAERPA. Méthode : Nous avons interrogé les médecins généralistes intéressés ou non puis comparé les profils de consultation et de prescription.Résultats : Certains médecins généralistes étaient intéressés par le PSI PAERPA, alors que d'autres y étaient opposés. Les 48 entretiens qualitatifs ont révélé quatre éléments qui ont influencé la participation au projet PAERPA : (i) la prise de conscience des enjeux de la médecine gériatrique et l'intérêt du travail collaboratif, (ii) le gain de temps, (iii) la délégation de tâches, et (iv) les avantages de la coordination. Le niveau d'intérêt pour le PSI pour les adultes âgés et fragiles a été indirectement reflété par les données sur la consultation et la prescription. Les généralistes qui ont participé à PAERPA avaient une plus grande proportion de patients âgés (plus de 70 ans) (p\textless0,05), un plus grand nombre de consultations par an (p\textless0,05) et un plus grand nombre de visites à domicile (p\textless0,01), par rapport aux généralistes qui ont refusé de participer. Conclusion : Le niveau d'engagement envers un PSI pourrait être accru en personnalisant la stratégie de recrutement en fonction du profil du médecin généraliste. Un accès aux données de soins premiers est nécessaire pour optimiser cette stratégie

@phdthesis{demesmaeker_morbi-mortalite_2023,
	type = {These de doctorat},
	title = {La morbi-mortalité par suicide : de l'épidémiologie longitudinale à l'évaluation d'un dispositif de prévention},
	copyright = {Licence Etalab},
	shorttitle = {La morbi-mortalité par suicide},
	url = {https://theses.fr/2023ULILS014},
	abstract = {Les patients présentant un trouble psychiatrique ont une diminution de leur espérance de vie en lien avec un taux élevé de suicide et aux comorbidités non psychiatriques. De plus, les patients ayant fait une tentative de suicide (TS) sont particulièrement à risque de récidive et de décès prématuré.Premièrement, nous avons tenté d'identifier des facteurs de risque de récidive avec des approches statistiques innovantes. Ainsi, nous avons pu montrer que patients ayant un trouble de l'usage d'alcool et ayant consommé de l'alcool lors de leur TS, les patients souffrant d'un trouble anxieux, ceux ayant fait plus de 2 TS et enfin ceux qui consomment des benzodiazépines et/ou des hypnotiques ont un risque élevé de récidive.Ensuite, nous avons estimé le taux de décès par suicide après une TS à l'aide d'une méta-analyse. Nos résultats ont montré un taux de 2,8\% à 1 an. Puis, nous avons recherché les causes de décès dans la cohorte Vigilans. Un an après la TS, les causes les plus fréquentes de décès étaient le suicide et les causes cardiovasculaires.Enfin, nous avons montré un exemple d'évaluation d'un dispositif de prévention du suicide. Nous avons évalué l'efficacité de la formation d'agents sentinelles dans les maisons de retraite. Nos résultats montrent une amélioration des connaissances sur la crise suicidaire et une diminution du nombre de TS après la formation.En conclusion, la diminution de la morbi-mortalité des suicidants passe par une prise en charge globale : par la prévention du suicide, mais également par la prise en charge des pathologies non psychiatriques.},
	urldate = {2024-03-23},
	school = {Université de Lille (2022-....)},
	author = {Demesmaeker, Alice},
	collaborator = {Amad, Ali and Chazard, Emmanuel},
	month = apr,
	year = {2023},
	keywords = {Cause de décès, Cause de décès -- Dissertation universitaire, Comportement suicidaire -- Épidémiologie -- France, Décès -- Causes, Epidemiology, Facteurs de risque, Facteurs de risque -- Dissertation universitaire, France, France -- Dissertation universitaire, Mortality, Mortalité, Mortalité -- Dissertation universitaire, Pharmacoépidémiologie -- France, Pharmacoépidémiologie -- France -- Dissertation universitaire, Prevention, Récidive, Récidive (médecine) -- Facteurs de risque, Récidive -- Dissertation universitaire, Suicide, Suicide -- Prévention -- France, Suicide -- prévention et contrôle -- France, Suicide -- prévention et contrôle -- France -- Dissertation universitaire, Suicide -- Épidémiologie -- France, Suicide attempt, Tentative de suicide, Tentative de suicide -- prévention et contrôle, Tentative de suicide -- prévention et contrôle -- Dissertation universitaire, Épidémiologie, Épidémiologie -- France, Épidémiologie -- France -- Dissertation universitaire, Épidémiologie psychiatrique -- France},
}

Les patients présentant un trouble psychiatrique ont une diminution de leur espérance de vie en lien avec un taux élevé de suicide et aux comorbidités non psychiatriques. De plus, les patients ayant fait une tentative de suicide (TS) sont particulièrement à risque de récidive et de décès prématuré.Premièrement, nous avons tenté d'identifier des facteurs de risque de récidive avec des approches statistiques innovantes. Ainsi, nous avons pu montrer que patients ayant un trouble de l'usage d'alcool et ayant consommé de l'alcool lors de leur TS, les patients souffrant d'un trouble anxieux, ceux ayant fait plus de 2 TS et enfin ceux qui consomment des benzodiazépines et/ou des hypnotiques ont un risque élevé de récidive.Ensuite, nous avons estimé le taux de décès par suicide après une TS à l'aide d'une méta-analyse. Nos résultats ont montré un taux de 2,8% à 1 an. Puis, nous avons recherché les causes de décès dans la cohorte Vigilans. Un an après la TS, les causes les plus fréquentes de décès étaient le suicide et les causes cardiovasculaires.Enfin, nous avons montré un exemple d'évaluation d'un dispositif de prévention du suicide. Nous avons évalué l'efficacité de la formation d'agents sentinelles dans les maisons de retraite. Nos résultats montrent une amélioration des connaissances sur la crise suicidaire et une diminution du nombre de TS après la formation.En conclusion, la diminution de la morbi-mortalité des suicidants passe par une prise en charge globale : par la prévention du suicide, mais également par la prise en charge des pathologies non psychiatriques.

@phdthesis{jauffret_epi-cppd_2023,
	type = {These en préparation},
	title = {{EPI}-{CPPD} : Épidémiologie du rhumatisme à pyrophosphate de calcium dans plusieurs bases de données de grande ampleur et en maisons de retraite : facteurs de risques, incidence, prévalence, pronostic, traitement et conséquences cliniques d'une maladie insuffisamment étudiée},
	copyright = {Licence Etalab},
	shorttitle = {{EPI}-{CPPD} – Épidémiologie du rhumatisme à pyrophosphate de calcium dans plusieurs bases de données de grande ampleur et en maisons de retraite},
	url = {https://theses.fr/s380128},
	abstract = {Le rhumatisme à cristaux de pyrophosphate de calcium dihydraté (PPCD), est responsable de manifestations cliniques variées, axiales et périphériques, aiguës et chroniques. Ce rhumatisme est à différencier de la chondrocalcinose radiographique, possiblement asymptomatique. Le rhumatisme à PPCD peut être de diagnostic délicat, du à la variété de ses phénotypes cliniques. Dans ce contexte et du fait de l'absence de consensus notamment sur sa terminologie et sa prise en charge, la recherche sur ce rhumatisme s'est avérée très limitée comparativement aux autres rhumatismes. La recherche sur cette thématique fait donc actuellement l'objet d'efforts internationaux, et notre projet de recherche s'inclus dans cette dynamique.   L'objectif est de préciser l'épidémiologie du rhumatisme à PPCD et de ses différentes formes cliniques, incluant des données de prévalence, de facteurs de risques, de comorbidités associées, de conséquences cliniques dont la mortalité, de variants génétiques et phénotypes moléculaires.
Pour ce faire, notre étude se décomposera en deux parties. La première se focalisera sur l'études de 3 bases de données, qui permettent d'inclure des milliers de participants pour un faible coût, avec un suivi virtuel sur 10 - 20 ans. Cela sera particulièrement informateur sur la prévalence globale de la maladie, ses facteurs de risques, et ses conséquences cliniques. Cependant, cette partie sera limitée par le fait que le codage de cette maladie dans la classification internationale (CIM10) reste imprécis, ne différenciant pas les formes cliniques (codage unique). La deuxième partie, l'étude clinique et sur biobanque, sera plus précise en terme de prévalence et de prise en charge thérapeutique en soins primaires, et nous permettra de constituer une biobanque pour la partie finale de notre étude. La constitution de cette biobanque est une étape obligatoire dans le sens où il n'en existe pas dans le monde ayant des données suffisantes pour l'étude du rhumatisme à PPCD.   En conclusion, nous espérons que les résultats de cette étude représenteront une avancée dans la connaissance et la compréhension de la physiopathologie du rhumatisme à PPCD et fourniront de nouveaux biomarqueurs potentiels et cibles thérapeutiques.},
	urldate = {2024-03-23},
	school = {Université de Lille (2022-....)},
	author = {Jauffret, Charlotte},
	collaborator = {Chazard, Emmanuel and Pascart, Tristan},
	year = {2023},
	keywords = {Base de données, Biobank, Biobanque, Conséquences cliniques, Cppd, Database, Epidemiology, Facteurs de risque, Outcomes, Ppcd, Risk factors, Épidémiologie},
}

Le rhumatisme à cristaux de pyrophosphate de calcium dihydraté (PPCD), est responsable de manifestations cliniques variées, axiales et périphériques, aiguës et chroniques. Ce rhumatisme est à différencier de la chondrocalcinose radiographique, possiblement asymptomatique. Le rhumatisme à PPCD peut être de diagnostic délicat, du à la variété de ses phénotypes cliniques. Dans ce contexte et du fait de l'absence de consensus notamment sur sa terminologie et sa prise en charge, la recherche sur ce rhumatisme s'est avérée très limitée comparativement aux autres rhumatismes. La recherche sur cette thématique fait donc actuellement l'objet d'efforts internationaux, et notre projet de recherche s'inclus dans cette dynamique. L'objectif est de préciser l'épidémiologie du rhumatisme à PPCD et de ses différentes formes cliniques, incluant des données de prévalence, de facteurs de risques, de comorbidités associées, de conséquences cliniques dont la mortalité, de variants génétiques et phénotypes moléculaires.
Pour ce faire, notre étude se décomposera en deux parties. La première se focalisera sur l'études de 3 bases de données, qui permettent d'inclure des milliers de participants pour un faible coût, avec un suivi virtuel sur 10 - 20 ans. Cela sera particulièrement informateur sur la prévalence globale de la maladie, ses facteurs de risques, et ses conséquences cliniques. Cependant, cette partie sera limitée par le fait que le codage de cette maladie dans la classification internationale (CIM10) reste imprécis, ne différenciant pas les formes cliniques (codage unique). La deuxième partie, l'étude clinique et sur biobanque, sera plus précise en terme de prévalence et de prise en charge thérapeutique en soins primaires, et nous permettra de constituer une biobanque pour la partie finale de notre étude. La constitution de cette biobanque est une étape obligatoire dans le sens où il n'en existe pas dans le monde ayant des données suffisantes pour l'étude du rhumatisme à PPCD. En conclusion, nous espérons que les résultats de cette étude représenteront une avancée dans la connaissance et la compréhension de la physiopathologie du rhumatisme à PPCD et fourniront de nouveaux biomarqueurs potentiels et cibles thérapeutiques.

@phdthesis{philippoteaux_osteoporose_2023,
	type = {These en préparation},
	title = {Ostéoporose primitive et secondaire de l'adulte en {France}: impact des traitements anti-ostéoporotiques sur la morbi-mortalité},
	copyright = {Licence Etalab},
	shorttitle = {Ostéoporose primitive et secondaire de l'adulte en {France}},
	url = {https://theses.fr/s380051},
	abstract = {L'ostéoporose est une maladie caractérisée par une baisse de la densité minérale osseuse conduisant à des fractures de fragilité. Elle peut être primaire (liée au vieillissement et à la ménopause chez les femmes) ou secondaire (causée ou exacerbée par d'autres pathologies ou médicaments). Les fractures sévères liées à l'ostéoporose entraînent une morbi-mortalité significative. Bien que les médicaments antiostéoporotiques (MAO) aient réduit les fractures, leur impact sur la mortalité reste incertain.   La première partie de la Thèse se penchera sur l'ostéoporose primitive. Il est établi que les fractures sévères associées à l'ostéoporose sont à l'origine d'un excès de mortalité, et que les MAO réduisent ce risque de fracture. Cependant, les données de la littérature sont contrastées concernant leur impact sur la mortalité globale. Certaines études montrent un effet positif sur la mortalité, tandis que d'autres études (dont une méta-analyse) ne montrent pas d'effet, voir un effet négatif. Malgré la disponibilité de telles données en France, à notre connaissance, elles n'ont jamais été exploitées pour étudier le lien entre MAO et mortalité.   La deuxième partie se concentrera sur les ostéoporoses secondaires, notamment celles liées à l'utilisation à long terme des inhibiteurs de pompe à protons (IPP) et à l'ostéogenèse imparfaite (OI). Concernant les IPP, les études épidémiologiques sur l'association entre l'utilisation des IPP au long cours et le risque de fracture ont donné des résultats contrastés. Concernant l'OI, nous n'avons pas de données françaises de vie réelle actualisées sur la morbi-mortalité et l'incidence fracturaire des patients adultes atteints d'OI.   Nous proposons un travail de recherche axé sur les parties complémentaires suivantes, répondant aux problématiques issues de l'analyse de la littérature. La définition précise des protocoles d'études fera l'objet des premiers travaux développés durant le travail de thèse d'université. Nous nous attacherons à répondre aux questions suivantes en population française :  -	Partie 1 : ostéoporose primitive   Quelle est la morbi-mortalité des patients ostéoporotiques, quels sont les facteurs de risque ?  Quel est l'impact sur la morbi-mortalité (fractures, autres pathologies comme le diabète, les cancers, les événements cardio-vasculaires, mortalité spécifique, mortalité toutes causes) des MAO ?  -	Partie 2.1 : ostéoporose secondaire liée aux IPP  Quelle est la morbi-mortalité (notamment en relation avec les fractures et l'ostéoporose) des patients sous IPP, et quels sont les facteurs de risque ?  Quel est l'impact sur la morbi-mortalité (fractures, autres pathologies, mortalité spécifique, mortalité toutes causes) des IPP chez les patients ostéoporotiques (traités ou non par MAO) ?  -	Partie 2.2 : ostéoporose secondaire à l'OI   Quelles sont les caractéristiques phénotypiques fines des patients atteints d'OI ?  Quelle est la morbi-mortalité (notamment en relation avec les fractures et l'ostéoporose) des patients atteints d'OI, et quels sont les facteurs de risque ?  Chez les patients atteints d'OI, quel est l'impact sur la morbi-mortalité (fractures, autres pathologies, mortalité spécifique, mortalité toutes causes) des MAO ?  Afin de garantir la faisabilité du travail, pour répondre à ces questions, nous développerons des méthodologies correspondant à des accès gradués à des données, de complexité croissante :   -	Dans un premier temps, une analyse de la base nationale du PMSI, déjà accessible au sein de l'équipe de rattachement, sans formalité supplémentaire  -	Dans un deuxième temps, une analyse de la base du SNDS, accessible sous réserve d'une formation et d'une autorisation spécifiques (délai raisonnable d'accès : un semestre).  -	Dans un troisième temps, une analyse de la BNDMR (Banque Nationale des Données des Maladies Rares), avec appariement au SNDS, s'inscrivant dans un régime d'autorisation plus complexe (délai raisonnable d'accès : trois semestres).},
	urldate = {2024-03-23},
	school = {Université de Lille (2022-....)},
	author = {Philippoteaux, Cecile},
	collaborator = {Chazard, Emmanuel and Cortet, Bernard},
	year = {2023},
	keywords = {Fractures, Iatrogeny, Iatrogénie, Mortality, Mortalité, Osteogenesis imperfecta, Ostéogenèse imparfaite, Ostéoporose primitive, Primary osteoporosis},
}

L'ostéoporose est une maladie caractérisée par une baisse de la densité minérale osseuse conduisant à des fractures de fragilité. Elle peut être primaire (liée au vieillissement et à la ménopause chez les femmes) ou secondaire (causée ou exacerbée par d'autres pathologies ou médicaments). Les fractures sévères liées à l'ostéoporose entraînent une morbi-mortalité significative. Bien que les médicaments antiostéoporotiques (MAO) aient réduit les fractures, leur impact sur la mortalité reste incertain. La première partie de la Thèse se penchera sur l'ostéoporose primitive. Il est établi que les fractures sévères associées à l'ostéoporose sont à l'origine d'un excès de mortalité, et que les MAO réduisent ce risque de fracture. Cependant, les données de la littérature sont contrastées concernant leur impact sur la mortalité globale. Certaines études montrent un effet positif sur la mortalité, tandis que d'autres études (dont une méta-analyse) ne montrent pas d'effet, voir un effet négatif. Malgré la disponibilité de telles données en France, à notre connaissance, elles n'ont jamais été exploitées pour étudier le lien entre MAO et mortalité. La deuxième partie se concentrera sur les ostéoporoses secondaires, notamment celles liées à l'utilisation à long terme des inhibiteurs de pompe à protons (IPP) et à l'ostéogenèse imparfaite (OI). Concernant les IPP, les études épidémiologiques sur l'association entre l'utilisation des IPP au long cours et le risque de fracture ont donné des résultats contrastés. Concernant l'OI, nous n'avons pas de données françaises de vie réelle actualisées sur la morbi-mortalité et l'incidence fracturaire des patients adultes atteints d'OI. Nous proposons un travail de recherche axé sur les parties complémentaires suivantes, répondant aux problématiques issues de l'analyse de la littérature. La définition précise des protocoles d'études fera l'objet des premiers travaux développés durant le travail de thèse d'université. Nous nous attacherons à répondre aux questions suivantes en population française : - Partie 1 : ostéoporose primitive Quelle est la morbi-mortalité des patients ostéoporotiques, quels sont les facteurs de risque ? Quel est l'impact sur la morbi-mortalité (fractures, autres pathologies comme le diabète, les cancers, les événements cardio-vasculaires, mortalité spécifique, mortalité toutes causes) des MAO ? - Partie 2.1 : ostéoporose secondaire liée aux IPP Quelle est la morbi-mortalité (notamment en relation avec les fractures et l'ostéoporose) des patients sous IPP, et quels sont les facteurs de risque ? Quel est l'impact sur la morbi-mortalité (fractures, autres pathologies, mortalité spécifique, mortalité toutes causes) des IPP chez les patients ostéoporotiques (traités ou non par MAO) ? - Partie 2.2 : ostéoporose secondaire à l'OI Quelles sont les caractéristiques phénotypiques fines des patients atteints d'OI ? Quelle est la morbi-mortalité (notamment en relation avec les fractures et l'ostéoporose) des patients atteints d'OI, et quels sont les facteurs de risque ? Chez les patients atteints d'OI, quel est l'impact sur la morbi-mortalité (fractures, autres pathologies, mortalité spécifique, mortalité toutes causes) des MAO ? Afin de garantir la faisabilité du travail, pour répondre à ces questions, nous développerons des méthodologies correspondant à des accès gradués à des données, de complexité croissante : - Dans un premier temps, une analyse de la base nationale du PMSI, déjà accessible au sein de l'équipe de rattachement, sans formalité supplémentaire - Dans un deuxième temps, une analyse de la base du SNDS, accessible sous réserve d'une formation et d'une autorisation spécifiques (délai raisonnable d'accès : un semestre). - Dans un troisième temps, une analyse de la BNDMR (Banque Nationale des Données des Maladies Rares), avec appariement au SNDS, s'inscrivant dans un régime d'autorisation plus complexe (délai raisonnable d'accès : trois semestres).

@phdthesis{rochoy_recherche_2019,
	address = {Lille ; 1969-2017, France},
	type = {Thèse de doctorat},
	title = {Recherche de facteurs associés à la maladie d'{Alzheimer} par réutilisation de base de données massives},
	abstract = {INTRODUCTION. Les troubles neurocognitifs sévères ou démences sont notamment définis par la CIM-10 et le DSM-5. Ils englobent un cadre nosographique large : démence d’Alzheimer, démence vasculaire, démence à corps de Lewy, dégénérescence lobaire fronto-temporale, etc. Chaque type de démence possède des critères diagnostiques propres et des facteurs de risque partiellement identifiés. Identifier les troubles cognitifs dans les grandes bases de données est une question complexe, qui doit tenir compte de l’évolution des connaissances. Notre premier objectif était de décrire l’évolution des codages de démences dans la base nationale du Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information (PMSI) de court séjour, au fil de l’évolution des critères diagnostiques. Notre deuxième objectif était d’énumérer les principaux facteurs associés connus de maladie d’Alzheimer. Notre troisième objectif était de déterminer les facteurs associés à l’apparition d’une maladie d’Alzheimer dans la base nationale du PMSI de court séjour.METHODES. Pour le premier travail, nous avons utilisé les diagnostics principaux sur le site ScanSanté pour le PMSI de court séjour de 2007 à 2017. Pour le deuxième travail, nous avons effectué une synthèse des revues de littérature et méta-analyses en utilisant les moteurs de recherche PubMed et LiSSa. Pour le troisième travail, nous avons réalisé une étude analytique par fouille de données dans la base nationale du PMSI de court séjour chez les patients âgés de 55 ans ou plus en 2014 : nous avons sélectionné 137 variables explicatives potentielles en 2008 ; la variable à expliquer était la maladie ou démence d’Alzheimer en 2014.RESULTATS. Notre premier travail sur l’identification des démences met en évidence une diminution des séjours hospitaliers avec pour diagnostic principal une maladie ou démence d’Alzheimer, avec un glissement vers d’autres troubles mentaux organiques ; une stabilité des séjours hospitaliers avec pour diagnostic principal une démence vasculaire mais avec une modification des sous-diagnostics (diminution des diagnostics principaux d’infarctus multiples et augmentation de tous les autres sous-types) ; une augmentation importante des séjours hospitaliers avec pour diagnostic principal une démence ou autre trouble cognitif persistant ou tardif liés à la consommation d’alcool ; une évolution homogène sur l’ensemble du territoire français. Ces résultats sont en faveur d’un codage respectueux des évolutions de la littérature. Nos deux travaux suivants sur l’identification des populations à risque permettent d’identifier plusieurs facteurs associés à la maladie ou démence d’Alzheimer, notamment l’âge, le sexe féminin, le diabète de type 2, la dépression, la dénutrition, les troubles bipolaires, psychotiques et anxieux, le faible niveau de scolarité, l’excès d’alcool, l’épilepsie, les chutes après 75 ans et l’hypertension intracrânienne. Ces facteurs associés peuvent être des facteurs de risque, des symptômes précoces, révélateurs ou précipitants.CONCLUSION. Identifier les troubles cognitifs dans les grandes bases de données implique de bien comprendre l’évolution des codages de démence, qui semble respecter l’évolution des connaissances. L’identification des patients ayant des facteurs associés aux démences permet un repérage précoce plus ciblé, puis une bonne identification du diagnostic étiologique nécessaire à une prise en charge adaptée.
 
INTRODUCTION. Severe neurocognitive disorders or dementias are defined by ICD-10 and DSM-5. They encompass a broad nosographic framework: Alzheimer's dementia, vascular dementia, Lewy body dementia, frontal-temporal lobar degeneration, etc. Each type of dementia has its own diagnostic criteria and partially identified risk factors. Identifying cognitive disorders in large databases is a complex issue, which must take into account changes in knowledge. Our first objective was to describe the evolution of dementia coding in the national database of the Medicalization of Information Systems Program (PMSI) for short stays, as diagnostic criteria evolved. Our second objective was to summarize the main known associated factors of Alzheimer's disease. Our third objective was to determine the factors associated with the onset of Alzheimer's disease in the national database of the short stay PMSI.METHODS. For the first work, we used the main diagnoses on the ScanSanté site for the short stay PMSI from 2007 to 2017. For the second work, we synthesized the literature reviews and meta-analyses using the PubMed and LiSSa search engines. For the third work, we conducted an analytical study by data mining in the national database of the short stay PMSI for patients aged 55 years or older in 2014: we selected 137 potential explanatory variables in 2008; the dependant variable was Alzheimer's disease or dementia in 2014.RESULTS. Our first work on the identification of dementias shows a decrease in inpatient stays with a main diagnosis of Alzheimer's disease or dementia, with a shift towards other organic mental disorders; stability of inpatint stays with a main diagnosis of vascular dementia but with a modification of under-diagnosis (decrease in main diagnoses of multiple heart attacks and increase in all other subtypes); a significant increase in inpatient stays with a main diagnosis of dementia or other persistent or late cognitive disorders related to alcohol consumption; a homogeneous evolution throughout the French territory. These results support a coding that respects the evolution of the literature. Our next two studies on the identification of at-risk populations identify several factors associated with Alzheimer's disease or dementia, including age, gender, diabetes mellitus, depression, undernutrition, bipolar, psychotic and anxiety disorders, low education, excess alcohol, epilepsy, falls after age 75 and intracranial hypertension. These associated factors may be risk factors, early, revealing or precipitating symptoms.CONCLUSION. Identifying cognitive disorders in large databases requires a good understanding of the evolution of dementia coding, which seems to respect the evolution of knowledge. The identification of patients with factors associated with dementia allows a more focused early identification and then proper identification of the etiological diagnosis necessary for appropriate management.},
	language = {français},
	school = {Université du droit et de la santé},
	author = {Rochoy, Michaël},
	collaborator = {Bordet, Régis and Chazard, Emmanuel and École doctorale  Biologie-Santé and Troubles cognitifs dégénératifs et vasculaires},
	year = {2019},
	keywords = {Alzheimer, Maladie d' -- Facteurs de risque -- Thèses et écrits académiques, Base de données -- Dissertation universitaire, Bases de données -- Thèses et écrits académiques, Codage clinique -- Dissertation universitaire, Démence -- Dissertation universitaire, Démence -- Thèses et écrits académiques, Exploration de données -- Thèses et écrits académiques, Facteurs de risque -- Dissertation universitaire, Facteurs de risques, Fouille de données -- Dissertation universitaire, Maladie d'Alzheimer -- Dissertation universitaire, Maladie d’Alzheimer},
}

INTRODUCTION. Les troubles neurocognitifs sévères ou démences sont notamment définis par la CIM-10 et le DSM-5. Ils englobent un cadre nosographique large : démence d’Alzheimer, démence vasculaire, démence à corps de Lewy, dégénérescence lobaire fronto-temporale, etc. Chaque type de démence possède des critères diagnostiques propres et des facteurs de risque partiellement identifiés. Identifier les troubles cognitifs dans les grandes bases de données est une question complexe, qui doit tenir compte de l’évolution des connaissances. Notre premier objectif était de décrire l’évolution des codages de démences dans la base nationale du Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information (PMSI) de court séjour, au fil de l’évolution des critères diagnostiques. Notre deuxième objectif était d’énumérer les principaux facteurs associés connus de maladie d’Alzheimer. Notre troisième objectif était de déterminer les facteurs associés à l’apparition d’une maladie d’Alzheimer dans la base nationale du PMSI de court séjour.METHODES. Pour le premier travail, nous avons utilisé les diagnostics principaux sur le site ScanSanté pour le PMSI de court séjour de 2007 à 2017. Pour le deuxième travail, nous avons effectué une synthèse des revues de littérature et méta-analyses en utilisant les moteurs de recherche PubMed et LiSSa. Pour le troisième travail, nous avons réalisé une étude analytique par fouille de données dans la base nationale du PMSI de court séjour chez les patients âgés de 55 ans ou plus en 2014 : nous avons sélectionné 137 variables explicatives potentielles en 2008 ; la variable à expliquer était la maladie ou démence d’Alzheimer en 2014.RESULTATS. Notre premier travail sur l’identification des démences met en évidence une diminution des séjours hospitaliers avec pour diagnostic principal une maladie ou démence d’Alzheimer, avec un glissement vers d’autres troubles mentaux organiques ; une stabilité des séjours hospitaliers avec pour diagnostic principal une démence vasculaire mais avec une modification des sous-diagnostics (diminution des diagnostics principaux d’infarctus multiples et augmentation de tous les autres sous-types) ; une augmentation importante des séjours hospitaliers avec pour diagnostic principal une démence ou autre trouble cognitif persistant ou tardif liés à la consommation d’alcool ; une évolution homogène sur l’ensemble du territoire français. Ces résultats sont en faveur d’un codage respectueux des évolutions de la littérature. Nos deux travaux suivants sur l’identification des populations à risque permettent d’identifier plusieurs facteurs associés à la maladie ou démence d’Alzheimer, notamment l’âge, le sexe féminin, le diabète de type 2, la dépression, la dénutrition, les troubles bipolaires, psychotiques et anxieux, le faible niveau de scolarité, l’excès d’alcool, l’épilepsie, les chutes après 75 ans et l’hypertension intracrânienne. Ces facteurs associés peuvent être des facteurs de risque, des symptômes précoces, révélateurs ou précipitants.CONCLUSION. Identifier les troubles cognitifs dans les grandes bases de données implique de bien comprendre l’évolution des codages de démence, qui semble respecter l’évolution des connaissances. L’identification des patients ayant des facteurs associés aux démences permet un repérage précoce plus ciblé, puis une bonne identification du diagnostic étiologique nécessaire à une prise en charge adaptée.   INTRODUCTION. Severe neurocognitive disorders or dementias are defined by ICD-10 and DSM-5. They encompass a broad nosographic framework: Alzheimer's dementia, vascular dementia, Lewy body dementia, frontal-temporal lobar degeneration, etc. Each type of dementia has its own diagnostic criteria and partially identified risk factors. Identifying cognitive disorders in large databases is a complex issue, which must take into account changes in knowledge. Our first objective was to describe the evolution of dementia coding in the national database of the Medicalization of Information Systems Program (PMSI) for short stays, as diagnostic criteria evolved. Our second objective was to summarize the main known associated factors of Alzheimer's disease. Our third objective was to determine the factors associated with the onset of Alzheimer's disease in the national database of the short stay PMSI.METHODS. For the first work, we used the main diagnoses on the ScanSanté site for the short stay PMSI from 2007 to 2017. For the second work, we synthesized the literature reviews and meta-analyses using the PubMed and LiSSa search engines. For the third work, we conducted an analytical study by data mining in the national database of the short stay PMSI for patients aged 55 years or older in 2014: we selected 137 potential explanatory variables in 2008; the dependant variable was Alzheimer's disease or dementia in 2014.RESULTS. Our first work on the identification of dementias shows a decrease in inpatient stays with a main diagnosis of Alzheimer's disease or dementia, with a shift towards other organic mental disorders; stability of inpatint stays with a main diagnosis of vascular dementia but with a modification of under-diagnosis (decrease in main diagnoses of multiple heart attacks and increase in all other subtypes); a significant increase in inpatient stays with a main diagnosis of dementia or other persistent or late cognitive disorders related to alcohol consumption; a homogeneous evolution throughout the French territory. These results support a coding that respects the evolution of the literature. Our next two studies on the identification of at-risk populations identify several factors associated with Alzheimer's disease or dementia, including age, gender, diabetes mellitus, depression, undernutrition, bipolar, psychotic and anxiety disorders, low education, excess alcohol, epilepsy, falls after age 75 and intracranial hypertension. These associated factors may be risk factors, early, revealing or precipitating symptoms.CONCLUSION. Identifying cognitive disorders in large databases requires a good understanding of the evolution of dementia coding, which seems to respect the evolution of knowledge. The identification of patients with factors associated with dementia allows a more focused early identification and then proper identification of the etiological diagnosis necessary for appropriate management.

@phdthesis{ferret_anticoagulants_2015,
	type = {These de doctorat},
	title = {Anticoagulants oraux, réutilisation de données hospitalières informatisées dans une démarche de soutien à la qualité des soins},
	copyright = {Licence Etalab},
	url = {http://theses.fr/2015LIL2S016},
	abstract = {Introduction :Les anticoagulants oraux soulèvent des problématiques majeures en termes de risque hémorragique et de bon usage. L’informatisation du dossier médical offre la possibilité d’accéder à de grandes bases de données que l’on peut exploiter de manière automatisée. L’objectif de ce travail est de montrer comment la réutilisation de données peut permettre d’étudier des problématiques liées aux anticoagulants et accompagner une démarche d’assurance de la qualité des soins. MéthodesCe travail a été réalisé sur les données informatisées (97 355 séjours) d’un centre hospitalier général. Pour chaque séjour nous disposons des données diagnostiques, biologiques, médicamenteuses, administratives et des courriers de sortie. Ce travail est organisé autour de 3 axes :Axe I. L’objectif est d’évaluer la qualité de la détection des facteurs pouvant majorer l’effet anticoagulant des antivitamines K (AVK), à l’aide de règles développées au cours de du projet européen PSIP (convention de subvention n° 216130). Une revue des cas sur une année a permis de calculer la valeur prédictive positive et la sensibilité des règles. Axe II. Nous avons réalisé une étude de cohorte historique sur les données de 2007 à 2012 pour déterminer les éléments majeurs impliqués dans l’élévation du risque hémorragique sous AVK dans la réalité clinique. Les cas étaient les séjours présentant une élévation de l’INR au-delà de 5, les témoins n’en présentaient pas. Axe III. Nous avons mis la réutilisation de données au service de l’étude de la qualité des prescriptions. D’une part nous avons évalué le suivi des recommandations de traitement du risque thromboembolique dans la fibrillation atriale (FA) chez la personne âgée, d’autre part nous avons étudié les modalités de prescription des anticoagulants oraux directs (AOD).Résultats : Axe I : La valeur prédictive positive des règles de détection des facteurs favorisant l’élévation de l’INR sous AVK est de 22,4\%, leur sensibilité est de 84,6\%. Les règles les plus contributives sont les règles de détection d’un syndrome infectieux et de l’administration d’amiodarone. Axe II : Les facteurs majeurs d’élévation du risque hémorragique sous AVK mis en évidence par l’étude de cohorte sont le syndrome infectieux, le cancer, l’hyprotidémie et l’insuffisance hépatique. Axe III : Le taux de suivi des recommandations dans la fibrillation atriale chez le sujet âgé est de 47.8\%. Seuls 45\% des patients reçoivent des anticoagulants oraux, 22,9\% ne reçoivent aucun traitement antithrombotique et 32,1\% reçoivent des antiagrégants plaquettaires. Les AOD sont quant à eux prescrits à des posologies inadaptées chez 15 à 31,4\% des patients, respectivement pour le dabigatran et le rivaroxaban. Ces erreurs sont principalement des sous-dosages en AOD dans la FA de la personne âgée (82.6\%). Discussion : L’informatisation des dossiers médicaux a permis la constitution de grandes bases de données médico-administratives, qui peuvent être utilisées à des fins variées comme nous le montrons dans ce travail. Dans le premier axe nous avons montré que des systèmes d’aide à la décision à base de règles permettent de caractériser les facteurs impliqués dans les surdosages en AVK avec une bonne sensibilité mais avec une faible valeur prédictive positive. Le second axe a montré que l’on pouvait utiliser ces données à des fins exploratoires pour identifier les facteurs liés à l’élévation de l’INR chez les patients recevant des AVK en pratique réelle. Le troisième axe montre que les systèmes à base de règles peuvent aussi être utilisés pour identifier des prescriptions inappropriées à des fins d’amélioration de la qualité des soins. Dans le domaine de l’anticoagulation ce travail ouvre des perspectives innovantes en vue de l’amélioration de la qualité des soins.},
	urldate = {2022-06-20},
	school = {Lille 2},
	author = {Ferret, Laurie},
	collaborator = {Luyckx, Michel},
	month = jun,
	year = {2015},
	keywords = {Adverse drug event, Adverse drug reaction, Big data, Données massives, Effets secondaires indésirables des médicaments -- Dissertations universitaires, Medication error, Médicaments -- Effets secondaires, Pharmaco-épidémiologie, Pharmacoépidémiologie, Pharmacoépidémiologie -- Dissertations universitaires, Prescription inappropriée, Prescription inappropriée -- Dissertations universitaires, Qualité des soins, Qualité des soins de santé -- Dissertations universitaires, Réutilisation de données, Soins médicaux -- Qualité -- Contrôle, Événement indésirable},
}

Introduction :Les anticoagulants oraux soulèvent des problématiques majeures en termes de risque hémorragique et de bon usage. L’informatisation du dossier médical offre la possibilité d’accéder à de grandes bases de données que l’on peut exploiter de manière automatisée. L’objectif de ce travail est de montrer comment la réutilisation de données peut permettre d’étudier des problématiques liées aux anticoagulants et accompagner une démarche d’assurance de la qualité des soins. MéthodesCe travail a été réalisé sur les données informatisées (97 355 séjours) d’un centre hospitalier général. Pour chaque séjour nous disposons des données diagnostiques, biologiques, médicamenteuses, administratives et des courriers de sortie. Ce travail est organisé autour de 3 axes :Axe I. L’objectif est d’évaluer la qualité de la détection des facteurs pouvant majorer l’effet anticoagulant des antivitamines K (AVK), à l’aide de règles développées au cours de du projet européen PSIP (convention de subvention n° 216130). Une revue des cas sur une année a permis de calculer la valeur prédictive positive et la sensibilité des règles. Axe II. Nous avons réalisé une étude de cohorte historique sur les données de 2007 à 2012 pour déterminer les éléments majeurs impliqués dans l’élévation du risque hémorragique sous AVK dans la réalité clinique. Les cas étaient les séjours présentant une élévation de l’INR au-delà de 5, les témoins n’en présentaient pas. Axe III. Nous avons mis la réutilisation de données au service de l’étude de la qualité des prescriptions. D’une part nous avons évalué le suivi des recommandations de traitement du risque thromboembolique dans la fibrillation atriale (FA) chez la personne âgée, d’autre part nous avons étudié les modalités de prescription des anticoagulants oraux directs (AOD).Résultats : Axe I : La valeur prédictive positive des règles de détection des facteurs favorisant l’élévation de l’INR sous AVK est de 22,4%, leur sensibilité est de 84,6%. Les règles les plus contributives sont les règles de détection d’un syndrome infectieux et de l’administration d’amiodarone. Axe II : Les facteurs majeurs d’élévation du risque hémorragique sous AVK mis en évidence par l’étude de cohorte sont le syndrome infectieux, le cancer, l’hyprotidémie et l’insuffisance hépatique. Axe III : Le taux de suivi des recommandations dans la fibrillation atriale chez le sujet âgé est de 47.8%. Seuls 45% des patients reçoivent des anticoagulants oraux, 22,9% ne reçoivent aucun traitement antithrombotique et 32,1% reçoivent des antiagrégants plaquettaires. Les AOD sont quant à eux prescrits à des posologies inadaptées chez 15 à 31,4% des patients, respectivement pour le dabigatran et le rivaroxaban. Ces erreurs sont principalement des sous-dosages en AOD dans la FA de la personne âgée (82.6%). Discussion : L’informatisation des dossiers médicaux a permis la constitution de grandes bases de données médico-administratives, qui peuvent être utilisées à des fins variées comme nous le montrons dans ce travail. Dans le premier axe nous avons montré que des systèmes d’aide à la décision à base de règles permettent de caractériser les facteurs impliqués dans les surdosages en AVK avec une bonne sensibilité mais avec une faible valeur prédictive positive. Le second axe a montré que l’on pouvait utiliser ces données à des fins exploratoires pour identifier les facteurs liés à l’élévation de l’INR chez les patients recevant des AVK en pratique réelle. Le troisième axe montre que les systèmes à base de règles peuvent aussi être utilisés pour identifier des prescriptions inappropriées à des fins d’amélioration de la qualité des soins. Dans le domaine de l’anticoagulation ce travail ouvre des perspectives innovantes en vue de l’amélioration de la qualité des soins.

@phdthesis{ficheur_reutilisation_2015,
	type = {These de doctorat},
	title = {Réutilisation de données hospitalières pour la recherche d'effets indésirables liés à la prise d'un médicament ou à la pose d'un dispositif médical implantable},
	copyright = {Licence Etalab},
	url = {http://theses.fr/2015LIL2S015},
	abstract = {Introduction : les effets indésirables associés à un traitement médicamenteux ou à la pose d'un dispositif médical implantable doivent être recherchés systématiquement après le début de leur commercialisation. Les études réalisées pendant cette phase sont des études observationnelles qui peuvent s'envisager à partir des bases de données hospitalières. L'objectif de ce travail est d'étudier l'intérêt de la ré-utilisation de données hospitalières pour la mise en évidence de tels effets indésirables.Matériel et méthodes : deux bases de données hospitalières sont ré-utilisées pour les années 2007 à 2013 : une première contenant 171 000 000 de séjours hospitaliers incluant les codes diagnostiques, les codes d'actes et des données démographiques, ces données étant chaînées selon un identifiant unique de patient ; une seconde issue d'un centre hospitalier contenant les mêmes types d'informations pour 80 000 séjours ainsi que les résultats de biologie médicale, les administrations médicamenteuses et les courriers hospitaliers pour chacun des séjours. Quatre études sont conduites sur ces données afin d'identifier d'une part des évènements indésirables médicamenteux et d'autre part des évènements indésirables faisant suite à la pose d'un dispositif médical implantable.Résultats : la première étude démontre l'aptitude d'un jeu de règles de détection à identifier automatiquement les effets indésirables à type d'hyperkaliémie. Une deuxième étude décrit la variation d'un paramètre de biologie médicale associée à la présence d'un motif séquentiel fréquent composé d'administrations de médicaments et de résultats de biologie médicale. Un troisième travail a permis la construction d'un outil web permettant d'explorer à la volée les motifs de réhospitalisation des patients ayant eu une pose de dispositif médical implantable. Une quatrième et dernière étude a permis l'estimation du risque thrombotique et hémorragique faisant suite à la pose d'une prothèse totale de hanche.Conclusion : la ré-utilisation de données hospitalières dans une perspective pharmacoépidémiologique permet l'identification d'effets indésirables associés à une administration de médicament ou à la pose d'un dispositif médical implantable. L'intérêt de ces données réside dans la puissance statistique qu'elles apportent ainsi que dans la multiplicité des types de recherches d'association qu'elles permettent.},
	urldate = {2022-06-20},
	school = {Lille 2},
	author = {Ficheur, Grégoire},
	collaborator = {Beuscart, Régis},
	month = jun,
	year = {2015},
	keywords = {Big data, Cas-témoin en cross-over, Data reuse, Dispositifs médicaux implantables, Données massives, Effets secondaires indésirables des médicaments -- Dissertations universitaires, Médicaments -- Effets secondaires, Pharmaco-épidémiologie, Pharmacoépidémiologie, Pharmacoépidémiologie -- Dissertations universitaires, Prothèse de hanche -- Dissertations universitaires, Prothèses de hanche, Réutilisation de données, Événement indésirable},
}

Introduction : les effets indésirables associés à un traitement médicamenteux ou à la pose d'un dispositif médical implantable doivent être recherchés systématiquement après le début de leur commercialisation. Les études réalisées pendant cette phase sont des études observationnelles qui peuvent s'envisager à partir des bases de données hospitalières. L'objectif de ce travail est d'étudier l'intérêt de la ré-utilisation de données hospitalières pour la mise en évidence de tels effets indésirables.Matériel et méthodes : deux bases de données hospitalières sont ré-utilisées pour les années 2007 à 2013 : une première contenant 171 000 000 de séjours hospitaliers incluant les codes diagnostiques, les codes d'actes et des données démographiques, ces données étant chaînées selon un identifiant unique de patient ; une seconde issue d'un centre hospitalier contenant les mêmes types d'informations pour 80 000 séjours ainsi que les résultats de biologie médicale, les administrations médicamenteuses et les courriers hospitaliers pour chacun des séjours. Quatre études sont conduites sur ces données afin d'identifier d'une part des évènements indésirables médicamenteux et d'autre part des évènements indésirables faisant suite à la pose d'un dispositif médical implantable.Résultats : la première étude démontre l'aptitude d'un jeu de règles de détection à identifier automatiquement les effets indésirables à type d'hyperkaliémie. Une deuxième étude décrit la variation d'un paramètre de biologie médicale associée à la présence d'un motif séquentiel fréquent composé d'administrations de médicaments et de résultats de biologie médicale. Un troisième travail a permis la construction d'un outil web permettant d'explorer à la volée les motifs de réhospitalisation des patients ayant eu une pose de dispositif médical implantable. Une quatrième et dernière étude a permis l'estimation du risque thrombotique et hémorragique faisant suite à la pose d'une prothèse totale de hanche.Conclusion : la ré-utilisation de données hospitalières dans une perspective pharmacoépidémiologique permet l'identification d'effets indésirables associés à une administration de médicament ou à la pose d'un dispositif médical implantable. L'intérêt de ces données réside dans la puissance statistique qu'elles apportent ainsi que dans la multiplicité des types de recherches d'association qu'elles permettent.